干货丨cDNA不盲投一文理清qPCR模板投入的基本操作

发表时间: 2024-04-24 04:47:52 作者: 产品中心

  qPCR实验作为常见的分子检验测试手段已经被普遍的使用,但小小的qPCR实验却有大大的学问,一个细节的不小心都可能会导致实验的失败!

  今天要和大家伙儿一起来分享的实验细节是关于qPCR实验中模板的投入问题,那大家在平时是怎么样来判断cDNA稀释倍数呢?又是怎么计算cDNA的加入体积呢?是否了解投模板时怎么做才能减少误差和错加漏加呢?带着这些疑问让我们大家一起来了解一下qPCR模板投入的基本操作吧!

  将cDNA做梯度稀释,把得到的不同梯度cDNA同时进行qPCR,选择位于15-33范围内的CT值对应的cDNA稀释梯度作为最佳稀释梯度。如下图所示。(经验值认为,目的基因CT值建议在15-33内,内参CT值建议在15-25内)

  如要扩增某处理组GAPDH内参基因,将逆转得到的cDNA进行10倍梯度稀释,得到的cDNA浓度梯度分别为:100(原液)、10-1、10-2、10-3、10-4,将5个cDNA模板同时上机做qPCR,得到的CT值分别为:13、16.3、19.6、22.9,26.2。所以后续再扩增该处理组GAPDH,就可以再一次进行选择10-1、10-2、10-3梯度进行扩增。

  若拿到一个之前没有做过的体系,不知道其拷贝数高低时,可以先选择cDNA原液进行qPCR并得到CT值。根据2△CT=浓度差公式可知,模板每稀释10倍,则CT值扩大3.3个循环左右,可根据此规律大致判断CT值大小,调整最佳cDNA稀释倍数。

  某处理组GAPDH内参基因,cDNA原液上样1 μl,得到的CT值为10。要想使该处理组GAPDH内参基因的CT值为16左右,仅需在cDNA原液的基础上稀释100倍即可使该处理组GAPDH内参基因的CT值达到16左右。

  ✦不同的体系(基因)、同一基因不同的处理组都有必要进行最佳cDNA稀释梯度的验证,保证所有的体系的CT值都落在15-33范围内,可以有很大成效避免因cDNA稀释梯度不准确导致CT值过小或过大,甚至无CT值的情况。

  ✦cDNA原液的添加体积不能超出qPCR反应体系的1/10,如20 μl qPCR反应体系,cDNA原液最多只能上2 μl,超出1/10体系,会对qPCR反应产生抑制作用。

  一、采取大体积配制试剂,预混Mix溶液,避免小体积加样误差导致各反应孔反应成分不均;

  二、使用有颜色的逆转录和定量试剂,能够更好的起到移液可视化的作用,防止样本太多导致的错加漏加。

  实验体系配制(以Vazyme #Q312推荐加样体系为例,检测1个内参基因、1个目的基因,2组样本包括对照组和处理组):

  注:①一般会多配一些样品,这样保证最后每个孔都能有同等体积的液体;预混后要涡旋离心,使其混匀!

  ② Q312为通用型试剂,无需在不同仪器上调整ROX的浓度。若所用试剂为非ROX预混型试剂,且仪器需要ROX进行校正(如ABI stepone),需要在加样时注意添加ROX。

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