实验室最不稳定的是什么?RNA 和我提取失败后的情绪

发表时间: 2024-04-17 22:12:17 作者: 其它产品

  提了两个礼拜了,结果一直不理想,总是有很多问题。昨天用提取产物跑胶,师兄瞅了一眼,还以为我是在做 PCR!今天又做了一次,以为质量超好,其实是有 DNA 残留给我带来的错觉...

  RNA 这东西真的太让人心烦了,不稳定又不配合,每次提取都在不断下战书:RNA 降解、低产率、低纯度、DNA 污染,相信提取过 RNA 的你也一定遇到过。

  为了让大家能不再白白受苦,今天我们将为给大家伙儿一起来分享下 RNA 分离技巧,特别是最大限度地回收高质量、无 DNA 的 RNA 的实践经验。另外,我们也为大家准备了 TR205 小量总RNA 提取试剂盒试用福利,助大家的提取事半功倍!

  本方法无需传统 TRIZOL 提取方法的相分离,而且不需要用任何有毒有害的试剂(例如氯仿),无需沉淀过程,7 分钟就可完成整个操作步骤,并能提取到含 microRNA 的总 RNA。

  RNA 极易降解,非常不稳定。RNase 仿佛无处不在,只要稍不注意,样品中的 RNA 就会被快速降解。为了尽最大可能避免 RNase 的影响,需要中收集样本时,就做好必要的措施。常用的样品稳定方法有液氮快速冷冻、干冰乙醇浴或 -80 °C 冷冻室。然而,这一些方法也有缺点,比如核酸中冻融过程中可能会损伤。推荐通过以下两种方式来进行样本的处理:

  使用裂解缓冲液:将样品溶解中裂解缓冲液中,使 RNase 失活 (如 TRIzol、RNA 裂解缓冲液等),处理后再将样品处理或冷冻保存;

  使用稳定试剂:将样品浸泡在稳定试剂中(如 DNA/RNA Shield),使核酸酶失活,并在环境和温度下长时间保护核酸。适用于实地收集样本或处理珍贵的病人样本(例如组织活检、全血等)。

  在 RNA 提取过程中,提高 RNA 产量和质量的最佳方法是保证样品完全裂解。然而,不用的样本需要针对性的设置裂解方案。例如,血细胞(如淋巴细胞、PBMCs 等)和微生物细胞往往很难有效溶解,仅仅添加基于洗涤剂的裂解缓冲液可能并不够。为了更好的提高裂解效果,可以将裂解缓冲液与机械裂解步骤(研磨珠破碎)匹配,或者在裂解液上游加入酶裂解步骤(如蛋白酶 K、溶菌酶等)(图 1)。

  图 1:从裂解缓冲液中提取大肠杆菌细胞的总 RNA,用研磨珠机械匀浆,而不是仅用裂解液进行裂解。在裂解液中进行机械均质化可产生稳定的 28 S/16 S 核糖体带和更高的核糖体完整性(RIN)。

  DNA 的存在会使基于 UV/VIS 的定量方法(如 Nanodrop)发生偏差,从而使得 RNA 的定量出现偏差,看着产量很高,但实际上 RNA 的量其实很少。在日常的实验里,可以将提取产物通过琼脂糖凝胶电泳来判断是不是真的存在 DNA 污染。当 28 S RNA 上方出现其他片段时,就说明产物中含有 DNA(图 2)。能够正常的使用 TRIzol 相分离、DNA 去除柱和 DNase 进行处理。

  图 2:用琼脂糖凝胶电泳显示人类上皮细胞的 RNA 谱。使用简石生物试剂盒提取的 RNA 没污染基因组 DNA

  每一步都如履薄冰的 RNA 提取,需要大家的认真和谨慎对待。为帮助大家更简单、高效的完成 RNA 的提取,简石生物开发了一种新型的配合 TRIZOL 使用的 RNA 提取试剂盒,该试剂盒具有新的缓冲液和离心柱体系,可以在提取 RNA的同时消除 DNA 的影响。极大简化流程的同时也更好的保证来 RNA 的提取质量,让你的实验不再有烦恼。